再現方法:
S2Dao 1.0.40に含まれるUnitTestに対して、以下の修正を行なうことにより再現できます。

修正箇所:
s2dao\s2-dao\src\test\resources\org\seasar\dao\impl\DefaultTest$DefaultTableDao_insertBySql.sql

% diff u DefaultTest$DefaultTableDao_insertBySql.sql DefaultTest$DefaultTableDao_insertBySql.sql
— DefaultTest$DefaultTableDao_insertBySql.sql- Wed Nov 01 01:17:00 2006

+++ DefaultTest$DefaultTableDao_insertBySql.sql Wed Feb 21 11:50:48 2007
@@ -3,7 +3,9 @@
/IF dto.bbb != null/BBB,/END/
VERSION_NO
) VALUES (
+ /* パート */
/IF dto.aaa != null//dto.aaa/null,/END/
/IF dto.bbb != null//dto.bbb/null,/END/
0
+ /* コメント中の? */
)

実行例:
% cd \s2dao\s2-dao\
% mvn test -Dtest=DefaultTest
...
% more target\surefire-reports\org.seasar.dao.impl.DefaultTest.txt
-------------------------------------------------------------------------------
Test set: org.seasar.dao.impl.DefaultTest
-------------------------------------------------------------------------------
Tests run: 11, Failures: 0, Errors: 2, Skipped: 0, Time elapsed: 4.517 sec <<< FAILURE!
testInsertByManualSqlTx(org.seasar.dao.impl.DefaultTest) Time elapsed: 0.187 sec <<< ERROR!
java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 1
at org.seasar.extension.jdbc.impl.BasicHandler.getCompleteSql(BasicHandler.java:148)
at org.seasar.extension.jdbc.impl.BasicUpdateHandler.execute(BasicUpdateHandler.java:62)
...