対応完了しました。

すみません、ELSEコメント内の?まで消しちゃってましたm(__)m
あと改行コードの正規表現も間違ってるので修正します、すみません。

ラインコメント中の?に対応しました。(r811)
(今まではラインコメント中に?があった場合バインド変数として認識していた
みたいですが、これも治ったはずです。)

・SQLコメント中の?を実行前に除外するようにしました。(ラインコメントは未対応)
・埋め込み変数コメントの値に?が使われた場合、実行前に例外になるようにしました。
(r809)

コミットさせて頂きました。

org.seasar.dao.impl.DefaultTest に
causeArrayIndexOutOfBoundsByVariableCommentAtDebugSql()
を追加してあります。

>すいません、こういった例外ケースのテストって、
>どこにコミットすればよいものでしょうか？

org.seasar.dao.impl.DefaultTest あたりでいいのではないでしょうか。

テストケースとしてコミットするとビルドできなくなるので
メソッド名は'test'で始まらないようにしてください。

> このSQLで再現しないのでできれば再現ケースをコミットいただけないでしょうか >久保さん

すいません、自分でも試しなおしたらちょっと表現が適切ではありませんでした。

テスト値ではなく、

「埋め込み変数コメントの文字列の中に「?」が存在すると発生します」

＜Dao＞
public String getEmployee_ARGS = "empno,tmp";
public Employee getEmployee(int empno, String tmp);

＜SQL＞
SELECT emp.*, dept.dname dname_0, dept.loc loc_0 FROM emp, dept
/$tmp/
WHERE empno = /empno/7788 AND emp.deptno = dept.deptno

＜Test＞
employeeDao.getEmployee(7788, "tttttt?tt");

で発生しました。

自分業務で発生してしまっていたのも埋め込み変数コメントでした。
その埋め込み変数コメントの文字列の中に /xxx/'testvalue' という
文字列が含まれていたのですが、そのtestvalueに ? を入れて例外だったので、
テスト値と勘違いしてしまいました。真に申し訳御座いません。

すいません、こういった例外ケースのテストって、
どこにコミットすればよいものでしょうか？

CONTAINER-31を登録しました。

細かいですが、Bind変数コメントのテスト値の値に?(はてな)を含めると同様の現象が発生します。

こんな感じでしょうか？
value = /*dto.property */'はてな?'

INSERT INTO DEFAULT_TABLE (
/IF dto.aaa != null/AAA,/END/
/IF dto.bbb != null/BBB,/END/
VERSION_NO
) VALUES (
/* aaa */
/IF dto.aaa != null//dto.aaa/'はてな?',/END/
/IF dto.bbb != null//dto.bbb/null,/END/
0
/* ccc */
)

このSQLで再現しないのでできれば再現ケースをコミットいただけないでしょうか >久保さん

細かいですが、Bind変数コメントのテスト値の値に?(はてな)を含めると同様の現象が発生します。
テスト値に?(はてな)を使わなければ問題ないですが、処理的に可能であれば、
「Bind変数コメントのテスト値内の?(はてな)」を除外するように一緒にお願いできないでしょうか？
(ダメならダメでそういう仕様でもOKだとは思います。が初めてその例外に遭遇した人は何がなんだかわからないはずなので)

再現テストをコミットしました。
org.seasar.dao.impl.DefaultTest#InsertByManualSql2Txです。

Seasar2(s2conitainer)側で
コメント内の「?」を削除してもらうようお願いしてみます。

回避方法１：
コメント中から ? を削除すれば動作するようです。

回避方法２：
起こるのは、log4j.category.org.seasar=DEBUGの場合のようです。
log4j.category.org.seasar=INFOなどでは、例外は発生せず、動作も正常のようです。