MacOS Xでは、ファイル名内のかなの濁点半濁点つきの文字等は合成文字として、
基底文字と結合文字 (濁点半濁点) に分離して保持する方式(Unicode の正規化)がとられています。
その為、MacOS X 上で稼動している Tuigwaa から作成した tgwar ファイル内の文字もそのように保存されています。

一方、EUC-JP や Shift-JIS 環境においては、結合文字の濁点、半濁点に該当するものが存在しないために、
上記環境で作成した tgwar ファイルをリストアしようとすると、その濁点、半濁点の部分が文字化けします。
結果として、リストアしてもファイルが存在しない状態となり、サイトの復旧が正常に行えません。

対応案としては、JarInputStream からのリストアの際に、自作チェックを入れるか、
Java6 で導入された Normalizer を利用する。

http://java.sun.com/javase/6/docs/api/index.html