AとBというテーブルがあるとします。
関連データ型でAテーブルを参照するCというテーブルを作成します。
テーブルを編集し、関連データ型の参照先をBテーブルに変えます。
この状態でAテーブルを削除すると、Cテーブルも一緒に削除されます。
CテーブルがAテーブルを参照しているという情報を削除できていないことが原因と思われます。