org.seasar.jsf.processor.ViewProcessorが各htmlファイル毎に生成され、
それぞれのcontentTypeをmetaから取得し、値の管理を行っていると思いますが、
html継承によるlayout機能使用時の仕様を確認させてください。
添付のように子供のhtmlファイルはbody内の実際のコンテンツのみ定義してある
状態です。
baseLayoutが親のhtmlです。

私が確認したところ親に
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-31j" />
がありましても、子供のhtmlに対応する
org.seasar.jsf.processor.ViewProcessorは
親の値を取らずに子供に指定されている
<meta http-equiv="Content-Type" content="XXXX" />
を読むようになっていると思われます。
（私の場合は指定が無いのでnullになります）

生成されたhtml的には、親のheadの内容になっております。

なにが問題になっているかと言いますと、
WAS6.0.2.21で
org.seasar.jsf.runtime.ViewRendererImpl
の
renderView内の
response.setContentType(viewProcessor.getContentType());
の部分で、setContentTypeの引数がnullで呼ばれると
nullpoが起きてしまいます。
（IBMにバグではないかと言う問い合わせをしておりますが、
FIXを当てるのも厳しい状況です）

とりあえず回避は全てのhtmlに
<meta http-equiv="Content-Type" content="XXXX" />
を記述することでなんとかなりますが、
回避できる方法などありましたらお教えください。

私的には
response.setContentType(viewProcessor.getContentType());
にnullチェックを入れると言うのではなく、
response.setContentType(viewProcessor.getContentType());
が呼ばれること自体重要なはずなので、
親のhtmlの内容を参照していただけるか、
どこか一箇所に宣言できたりすると嬉しいと感じます。