以下のようなテーブル構造で、

BOOK (本)
  BOOK_ID   not null (PK)
  BOOK_NAME not null 
  AUTHOR_ID not null (FK)

AUTHOR (著者)
  AUTHOR_ID   not null (PK)
  AUTHOR_NAME not null 

BOOKエンティティには以下のようなアノテーションがあり、

public static final int author_RELNO = 0;
public static final String author_RELKEYS = "AUTHOR_ID:AUTHOR_ID";

DAOにはSQLアノテーションを付けて、BOOKだけを純粋に検索したいとします。

public static final String getListAll_SQL = 
    "select BOOK_ID, BOOK_NAME, AUTHOR_ID from BOOK";

この結果の個人的な期待は：

• BOOKエンティティはAUTHORエンティティを保持しない(nullが返る)、

ですが、実際は：

• BOOKエンティティはAUTHORエンティティを保持しており、
• そのAUTHORエンティティのAUTHOR_IDにはDB上の「著者ID」が存在します。
• そのAUTHORエンティティのAUTHOR_NAMEはnull。

です。

RELNOやRELKEYSを設定した状態のエンティティを利用すると、
SQLアノテーションなどで結合対象から外しても、
主キーのみ存在する空のFK先エンティティは存在する。

これは、S2Daoの仕様になりますでしょうか？

これは業務上あまり問題にはなりませんが、自分はS2Daoを少し包含した
フレームワークを開発しており、細かい絡みになりますが少し気になってます。